En el s. XVI, el lugar donde se sitúa la Iglesia quedaba aislado, fuera de las murallas de la ciudad y, por ello, fue elegido para construir el cementerio donde se enterraban a las víctimas de la peste. En 1506, se construyó aquí una ermita dedicada a S. Roque, santo protector de los apestados.
Entonces, se instituyó la Hermandad de S. Roque, con estatutos propios, estando apoyada por la casa real, por la nobleza y por el pueblo. En 1553, la Compañía de Jesús se establece en el lugar y ordena la construcción del templo que vemos hoy, con la obligación de mantener la Capilla de S. Roque en el interior.
Una ermita dedicada a San Roque se comenzó a construir en el año 1506, en un espacio por aquel tiempo fuera de la muralla que rodeaba la ciudad, junto a un cementerio donde se sepultaban los enfermos que morían de peste.
Al principio estuvo en manos de la Hermandad de San Roque y posteriormente, a partir de 1553, fue cedida a los jesuitas. La antigua ermita fue poco a poco ampliada y embellecida y aunque los jesuitas dedicaron el altar mayor a los santos de su devoción, como San Francisco Javier, San Francisco de Borja, Luis de Gonzaga y San Ignacio de Loyola, la iglesia mantuvo su denominación inicial.
Cuando los jesuitas fueron expulsados de Portugal, la iglesia y sus dependencias fueron entregadas a la Santa Casa da Misericordia de Lisboa.
